Jakiś czas potem, kupił pralnię i prowadził ją razem z żoną. 17 listopada 1948 roku został aresztowany przez UB. 1 października 1949 roku w pokazowym procesie został skazany na śmierć. Rajs nie przyznał się przed sądem do mordu na furmanach. Wyrok śmierci wykonano 30 grudnia 1950 roku w Białymstoku. Nie wiadomo gdzie pochowano ciało „Burego”.
W 1995 roku Sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego unieważnił wyrok śmierci wydany na Romualda Rajsa. W uzasadnieniu wyroku stwierdzono, że Rajs „walczył o niepodległy byt państwa polskiego”, a pacyfikacje białoruskich wsi zostały przeprowadzone w sytuacji stanu wyższej konieczności. 
Rajs i jego oddział przyłączyli się do Narodowego Zjednoczenia Wojskowego i dalej walczyli na Białostocczyźnie z oddziałami UB, MO i KBW. Powiat Bielsk Podlaski był terenem specyficznym. Istniała tu liczna agentura NKWD i UB. Należało do niej wielu Białorusinów i dawnych członków partii komunistycznej. We wrześniu 1939 roku na tych terenach białoruskie oddziały mordowały polskich żołnierzy oraz cywilów. Po wkroczeniu tutaj Armii Czerwonej rabowano polskie majątki, mordowano ich właścicieli, zwalczano polskie podziemie, wywożono Polaków na Syberię. Partia komunistyczna w powiecie w przeważającej większości składała się z Białorusinów.